Die Gesellschaft verfügt im Rahmen ihrer firmeneigenen Forschungs- und Entwicklungsstrategie über eine steigende Zahl an F&E-Vereinbarungen. Im Folgenden sind diese Abkommen kurz beschrieben (in alphabetischer Reihenfolge).
Absynth Biologics
Im September 2010, gab MorphoSys den Beginn eines firmeneigenen Programs gegen neuartige Zielmoleküle aus dem Bereich der Infektionskrankheiten bekannt. Im Rahmen dieser Initiative hat MorphoSys eine Lizenz- und Kooperationsvereinbarung mit dem britischen Biopharmazie-Unternehmen Absynth Biologics unterzeichnet. Durch die Vereinbarung erhält MorphoSys Zugang zu neuen krankheitsrelevanten Zielmolekülen, die in Zusammenhang mit Erregern des Typs Staphylococcus aureus stehen, inklusive der Antibiotika-resistenten Formen (Methicillin-resistenter Staphylococcus aureus - MRSA). MorphoSys wird mit Hilfe seiner firmeneigenen HuCAL PLATINUM-Technologie therapeutische Antikörper gegen diese Strukturen entwickeln, die Absynth anschließend in relevanten Krankheitsmodellen erprobt. MorphoSys ist verantwortlich für die weitere Entwicklung und Auslizensierung der daraus resultierenden Medikamentenkandidaten. Absynth erhält im Gegenzug eine Einmalzahlung sowie entwicklungsabhängige Meilensteinzahlungen und Tantiemen.
Absynths gen-basierter Ansatz ermöglicht die Identifizierung bislang zu wenig beachteter Zielmoleküle, insbesondere von Bakterienkomponenten, die überlebenswichtig, hochkonserviert über verschiedene Bakterienstämme und für Antikörper zugänglich sind. Absynth konnte bereits zeigen, dass monoklonale Antikörper gegen die Zielmoleküle des Lizenzabkommens das Wachstum von S. aureus aufhalten und das menschliche Immunsystem dazu anregen konnten, die Bakterien durch Phagozytose zu bekämpfen. Absynth hat Patentanmeldungen für alle Zielmoleküle eingereicht, für die MorphoSys eine Lizenz erworben hat.
Galapagos
Im November 2008 haben MorphoSys und Galapagos den Abschluss einer langfristig angelegten Zusammenarbeit zur gemeinsamen Medikamentenerforschung und -entwicklung bekannt gegeben. Ziel ist es, neuartige Wirkmechanismen zur Behandlung entzündlicher Knochen- und Gelenkserkrankungen wie etwa rheumatoider Arthritis, Osteoporose und Osteoarthritis zu erforschen und Antikörpertherapien gegen diese Krankheiten zu entwickeln.
Die Vereinbarung umfasst sämtliche Aktivitäten von der Erforschung der Zielmoleküle bis zum Abschluss der klinischen Wirksamkeitsstudie für neuartige therapeutische Antikörper. Im Anschluss an den Nachweis der klinischen Wirksamkeit am Menschen werden die Programme für die weitere Entwicklung, Zulassung und Vermarktung an Partner auslizenziert. Beide Partner stellen im Rahmen der Allianz ihre Schlüsseltechnologien und ihre Expertise zur Verfügung. Zusätzlich wird Galapagos zu seiner auf der Nutzung von Adenoviren basierenden Plattform für die Erforschung neuer Zielmoleküle auch bereits identifizierte Zielmoleküle in die Kooperation einbringen, die mit Knochen- und Gelenkserkrankungen in Verbindung gebracht werden. MorphoSys wird seine HuCAL-Antikörpertechnologien zur Herstellung vollständig menschlicher Antikörper gegen diese Zielmoleküle zur Verfügung stellen. Gemäß den Vertragsvereinbarungen teilen sich Galapagos und MorphoSys die Forschungs- und Entwicklungskosten sowie alle zukünftigen Umsätze zu gleichen Teilen.
Xencor
Im Juni 2010, gaben MorphoSys und das US-amerikanische Biopharmazie-Unternehmen Xencor die Unterzeichnung einer weltweiten, exklusiven Lizenz- und Kooperationsvereinbarung für einen therapeutischen Antikörper bekannt, der sich in der Phase 1 der klinischen Entwicklung befindet. Durch die Vereinbarung erhielt MorphoSys eine weltweit exklusive Lizenz auf XmAb5574 für die Behandlung von Krebs und anderen Indikationen, der in der Folgezeit in MOR208 umbenannt wurde. Im Rahmen der Vereinbarung werden die Unternehmen gemeinsam eine Phase-1-Studie an Patienten mit chronischer lymphatischer Leukämie (CLL) in den USA durchführen, für die Xencor weiterhin die Kosten gemäß Entwicklungsplan tragen wird.